自动对焦显微镜的自动对焦系统主要硬件和软件两个部分。系统的硬件采用生物显微镜、计算机、数字CMOS摄像头、步进电机、电机驱动和单片机来搭建；该系统的软件就是以用户界面来作为控制中心。因为焦距和像距是固定的，因此要想改变物距来实现系统的对焦是要通过控制中心结合硬件系统才行。下面富莱的小编就和大家分享一下关于自动对焦显微镜的自动对焦系统。其系统是将数字CMOS摄像头固定在显微镜的目镜上，步进电机安装在显微镜的调焦旋钮上，转动时带动载物台上下移动。通过计算机软件发送与单片机通信的控制命令，同时单片机接收命令对步进电机驱动发送脉冲的方式驱动步进电机转动，进而带动载物台来调整物距在通过Z轴方向上的上下运动，最终实现显微镜系统的对焦。
根据显微镜自动对焦系统工作运作方式的不同，自动对焦的原理可以分为两类：
一类：应用测距原理，先测量出镜头和被测物体的距离，根据透镜成像公式，结合镜头的参数，计算出可使被测物体清晰成像时的镜头位置，然后调整镜头的位置，使得成像正好清晰。使用这类方法的典型是早期具有自动对焦功能的照相机。由于测距装置的精度限制，这类方法适合于对对焦要求不是很高的场合。
另一类：是利用数字图像处理技术直接分析镜头所成的图像,判断是否对焦是根据成像的对焦评价函数，如果没有对焦，按照算法调整镜头，再判断是否对焦，一直反复，直到对焦为止。这类方法是直接对成像进行分析，所以能精确判断出对焦状态。
